禁林线索本身作为开启副本的钥匙道具，在获得后并不会因为时间流逝而自动消失或过期，你可以将其保留在背包中随时使用。
线索的丢失通常发生在你主动使用它的探索过程中。最常见的情况是，你消耗了一条蓝色普通线索进入禁林，但在中途因为挑战失败或自觉无法通关而选择了退出或放弃进度，这条被使用的线索就会被消耗掉，不会退还。
需不同品质线索的消耗机制略有差异。普通蓝色线索是在你进入禁林探索时立即扣除的。而紫色和红色这类特殊或隐藏线索，通常是在你成功通关后才会被消耗。如果你在挑战高难度线索时失败，紫色或红色线索并不会消失，你可以保留它直到未来挑战成功。
当你遇到困难关卡卡住时，直接放弃会导致线索损失，但游戏提供了暂离保存进度的选项。你可以利用这个功能暂时退出，去调整强化你的卡组或研究策略，然后再载入进度继续挑战，这样能避免因一时打不过而白白浪费线索。已经使用过的伙伴卡次数在暂离后不会恢复，所以需要规划好使用节奏。
另一种感觉线索丢失的情况与解锁机制有关。部分线索的星级提升，尤其是蓝色线索，要求你必须单人通关当前难度才能解锁下一星级的挑战。如果你总是通过组队让他人帮助通关，虽然能拿到奖励，但可能无法解锁更高星级，这让你觉得线索的潜力没有被完全发掘。
一些在特定活动中出现的限时金色线索，其获取途径和兑换渠道仅在活动期间开放。如果你在活动期间没有通过通关掉落或兑换获取它们，或者获取后没有及时使用，在活动结束后这些线索及其获取机会就会消失，这是一种受时间限制的特殊情况。
